Я позволю себе некоторые уточнения и дополнения. В каждом регионе могут быть свои порядки. В моем случае было следующим образом.
1. Первым делом выдается Экспертное заключение Центра гигиены и эпидемиологии (старое название - СЭС) на проектную документацию. Помимо проекта, необходимо предоставить договоры на холодное и горячее водоснабжение и водоотведение, либо договор с лицензированной организацией на сбор и утилизацию канализационных хозбытовых и производственных стоков и отходов (формулировка в договоре - "биологические отходы").
Санитарно-эпидемиологическое заключение Роспотребнадзора на производство (т.е. на проектную документацию) никто не отменял, оно выдается по-прежнему на основании Экспертного заключения. После этого в построенном в соответствии с проектной документацией здании выполняются исследования воды и воздуха, замеры естественной и искусственной освещенности производственных помещений с составлением соответствующих актов - этим занимается Центр гигиены и эпидемиологии.
2. Дальнейшие документы выдаются в рамках обязательного этапа декларирования продукции.
Акт обследования производства: выдается подразделениями Россельхознадзора, ветеринарные эксперты проверяют фактическое наличие систем водоснабжения и водоотведения, умывальников, санузлов, поддонов, тары, дезковриков, ламп для кварцевания - т.е. всего того, что так или иначе связано с безопасностью сырья и продукции.
После получения акта можно выратывать и направлять на испытания в аккредитованную лабораторию пробные партии продукции (в моем случае требовалось по 2 кг, разделенные на 4 части по 0,5 кг для проведения различных групп исследований). На основании проведенных испытаний выдаются соответствующие протоколы.
Договоры на дезинсекцию и дератизацию.
Договор с аккредитованной лабораторией на исследование продукции.
Упомянутые в п.1 договоры, необходимые для получения Экспертного заключения, само Экспертное заключение, санэпидзаключение.
Нормативная документация: ТУ, ТИ со всеми необходимыми согласованиями, подписями и синими печатями.
Технические паспорта на холодильное оборудование.
Всё перечисленное предоставляется в подразделения Россельхознадзора для получения Ветеринарного удостоверения.
Далее последний этап - Центр сертификации и метрологии. Потребуется предоставить многие из документов, перечисленных в пп. 1-2, плюс сведения о поверке весового оборудования.
Не забудьте еще про учредительные документы, договор аренды и пр.