Думаю, обязательно надо вести учет в базе 1С бухгалтерии(это должен делать мастер участка), туда вносят все спецификации на продукты.
Мастер участка знает задание на следующую смену, формируетт требование накладную для склада, и получает сырья ровно на сменное задание. Тогда в конце каждой смены остатки на участках будут нулевыми, как фактически - так и в реальности. А вы сразу поймете были ли нарушения технологического процесса. Т.е. например на 5 замесов блинов неоходимо: Муки__, яиц___, Молока___ и т.д. Кладовщик формирует заявку и подает ее на участок. Конечно на рабочем месте у фаршесоставителя (либо тестовода) должна быть Технологическая карта в которой прописана рецептура и порядок закладки тех или иных ингредиентов.
У нас такая система внедрена, на участках производства сырье получают на смену. Остатки будут только на участке где идет фасовка готового продукта.